引子
“日本第一号大天狗”，“和汉（日中）史上最大的昏君”这两句话分别是镰仓幕府的开创者源赖朝和后白河自己的亲信藤原通宪（信西）对他的评价。他是院政时代最后一位上皇，也是平安时期最后一位上皇，在他身后日本就进入了武家掌权的镰仓时代。他的一生就是公家政权衰落，武家政权崛起的真实写照。他这一生经历过的重大事件恐怕也是日本历史上所有天皇中最多的。保元之乱，平治之乱，平氏专权，源平合战，镰仓幕府的草建都是在他治世期间发生的。对于他，积极的评价认为他善于玩弄权数，竭尽全力地想保住公家的权力；消极的评价认为，他不过是随着时代潮流随波逐流的暗弱之君。可是就是这位“昏君”却治世长达三十七年之久，其本人一定也有其值得关注之处吧。
时代
前面提到后白河是院政时代的最后一位天皇，那么什么是院政时代呢？院政是上皇（退位的天皇）代替天皇执掌政权的一种统治形式，院政时代是指白河，鸟羽，后白河三位上皇或法皇（出家后的上皇）按照这种统治形式进行统治的时代。说到这种统治形式的产生原因，不得不提到院政时代产生之前的摄关时代。
摄关政治是指藤原北家的族长在天皇成年时作为摄政，在天皇成年后作为关白，代替天皇执掌政权的一种统治形式。摄关时代是指藤原氏按这种统治形式进行统治的时代。这种统治形式的经济基础是寄进式的庄园。庄园本来指是贵族，寺社自己开垦的土地；后来一些权门贵族和寺社凭借自己的权势取得了不输（不向国家交纳赋税）不入（国司不能进入庄园行使权力）权。为了逃避国家的劳役赋税，大量的庄园被寄进权门，寺社，从而形成了寄进式的庄园。在这种制度下，庄园的主人把土地进献给权门，寺社，并上交一部分租税，以换取权门，寺社所带来的不输不入权。随着摄关藤原家权力的不断扩大，许多庄园都被寄进藤原家，藤原家的经济实力也越来越强。到了藤原道长时代，藤原氏的权势达到了顶峰，号称“唯道长之心系天下之兴亡”。寄进式庄园的盛行导致国家税收减少，国家财政困难。相反藤原氏和地方贵族却富有资财，过着穷奢极欲的生活。另一方面由于藤原氏的专权，地方的国司多是通过贿赂藤原氏当上国司的，因此这些人到达地方后，就营私舞弊，巧立名目地搜刮民脂民膏；特别是把国衙的公领当作自己私领，任意的压榨当地百姓。结果不满残酷压榨的百姓纷纷起义，而一些地方豪族也乘机叛乱。为了镇压百姓的起义，保护庄园的安全，各庄园开始组织私人武庄力量——武士团；为了平定各地的叛乱，国家也不得不开始重用武士；武士阶层因此而崛起。
长元元年（1028年），上总平忠常叛乱，朝廷派遣军队前往镇压。结果花了三年时间，不但没有平定叛乱，反而让平忠常占领了整个房总地区。推想朝廷军如此无能的原因，应该是朝廷财政困难，从而缩减了军费，导致朝廷军队的训练和装备都被很差，因而战斗力低下。长元四年（1031年），朝廷被迫派在源赖信率领源氏的私兵出阵，赖信是在安和之变时投靠摄关家而在摄津多田建立了庄园的清和源氏出身的源满仲的三子。平忠常慑于源赖信的威名很快投降了朝廷。源氏的私兵之所以那么有战斗力，是因为他们要负责庄园的保护和镇压起义的百姓，因此装备和训练都十分精良。此役之后关东的武士团纷纷臣从于源氏。
永承五年（1051年），奥州的安倍赖良叛乱。由于事态严重，朝廷任命源赖信之子源氏栋梁源赖义为陆奥守，带兵前往镇压。在父亲时代就臣从源氏的东国武士纷纷加入赖义麾下，朝廷军因此而士气大振。安倍赖良因为武勇无比的源赖义亲自挂帅而畏惧，于是引兵归顺；为了表示诚意，赖良还把自己的名字改成了与赖义同音的赖时。然而和平并未持续多久，天喜四年（1056年）安倍氏再次叛乱。缺乏地利的源氏军拉拢了奥州六郡的地方豪族，共同攻击安倍氏；结果赖时中流矢而亡，安倍贞任继承了他叛乱首领的地位。长期远征，不服水土的源氏军在此后一直和安倍军持对峙状态。康平五年（1062年），赖义成功拉拢了出羽的清原武则，两人合兵一处终于打败了安倍氏，平定了奥州。这场战役被称为前九年之役。此役之后清和源氏声名鹊起，而清原氏也成为奥州最大的势力。
永宝三年（1083年），源赖义之子义家出任陆奥守。此时，清原氏发生内乱，武则的三个孙子真衡，家衡，清衡相互争斗。母亲为安倍赖时之女的二男家衡，三男（养子）清衡一起挑战兄长长男真衡。真衡于是请求义家的军队增援，并成功讨伐并降服了两个弟弟。但是真衡却在阵中病死，于是义家裁决奥州六郡由家衡，清衡兄弟平分。但是家衡不服这个裁决，于应德三年（1086年）起兵叛乱。这次换清衡来向义家求援。前九年之役时，清衡之父藤原经清在安倍一侧作战，自认为是清原氏正统的家衡因此向作为旧敌遗儿的弟弟清衡开战。不愿放过反复叛乱的家衡的义家立即出兵，但由于冬天的大雪而不得不暂时撤兵。次年九月，义家再次出兵家衡的本处金泽栅。在荒野行军中，义家看见前方有乱飞的雁群，知道前面有伏兵，于是又一次撤退了。就在这时，其弟源义光来援，得到援军的源氏军于是对金泽栅发动了总攻，家衡在金泽栅被攻陷时战死。此役被称为后三年之役。战后，清衡复姓藤原，是为平安末期，镰仓初期的奥州藤原氏之祖。清和源氏和奥州藤原氏也因此而结成了良好关系。义家在此役之后，名望大增，被称为“天下第一勇士”。
以上讲述的是清和源氏的崛起过程，下面再回到中央朝廷。藤原氏的专权自然也引起了皇室的不满，但由于藤原氏一直是皇室的外戚，历代天皇也难以有所作为。但是到了冷泉天皇时，藤原氏送入后宫的女儿都未能产下皇子。冷泉天皇去世时，禎子内親王所生的后三条天皇继位。为了改变庄园膨胀，公田荒芜，国衙领减少从而导致国家财政收入不足的状况，后三条天皇发出了庄园整理令：“凡是新立的庄园，不明确的庄园，妨碍国务的庄园一律废止”。为此专门设立了庄园状契记录所，专门负责该项事务。失去了作为经济基础的大量庄园，失去了与天皇的姻亲关系，摄关藤原家的势力大大的衰退了。到了后三条天皇之子白河天皇时，更开始排斥藤原氏，实施院政。
延久三年（1072年），后三条天皇让位于白河天皇。当时白河天皇之母为藤原茂子，其妃为藤原贤子，但他没有子嗣。在后三条上皇的主持下，立后三条上皇和源基子所生的实仁亲王为皇太子，并约定实仁亲王的同母弟辅仁亲王为下一代皇太子。这样一来，过一段时间之后，天皇家和摄关家就彻底分离了。延久四年（1073年），抱着这个希望的后三条天皇去世，白河天皇亲政。亲政后的白河天皇继续其父排斥摄关家，把权力集中在自己手里的政策。应德三年（1086年），藤原贤子去世，白河天皇悲痛欲绝，因而让出皇位。但此时实仁亲王已死，白河上皇就排除其弟辅仁亲王，而立自己的亲子八岁的善仁亲王，是为堀河天皇；后三条天皇的打算就此被其子破坏了。虽然天皇家没有与藤原家脱离关系，虽然有藤原师实出任摄政，但朝中的大权却掌握在白河上皇手中。上皇所住之处被称为院，院里负责执行政务的机关称为院厅，代理天皇处理政务的上皇所发的旨意被称为院宣，这种由上皇代替天皇掌管朝政的形式被称为院政；从这时起日本由摄关时代进入了院政时代。由于院厅取代摄关藤原家成为了另一个权力中心，许多原本就对摄关家不满的中小庄园主纷纷把领地寄进院厅，从而使得院厅也拥有了庞大的庄园。院厅为了排斥摄关藤原家也积极地起用这种中小庄园主，从而使他们能够进入中央政权。
白河上皇在压制摄关藤原家的同时，不得不对另一股和摄关家有联系而且正在兴起的势力采取压制政策，这就是源氏势力。源氏势力在先祖满仲时代因为投靠摄关藤原家而扩大了势力，经过平忠常之乱和前九年之役，该家族的势力已经延伸到了关东，并得到很大发展。后三年之役之后，该势力的当主源义家向院厅请求恩赏；害怕源氏势力在奥州坐大的白河院厅不但不予以恩赏，反而以义家的属下私斗为名，免去了义家陆奥守的职位并禁止他上京。面对这个情况，义家从自己的领地中拿出土地奖赏在战斗中浴血奋战的属下；因为此事义家得到了东国武士的信赖，人气高涨。作为应对，白河院厅发出了禁止向义家寄进庄园的院宣。次年，又发出禁止义家开设新的庄园的院宣。
永长元年（1096年），白河上皇出家称法皇。压制了源氏势力的白河法皇并非就高枕无忧了。当时南都北岭（京都和奈良）的大寺院出于自己的政治需要，畜养了大量的僧兵，恶僧。这些寺院一旦有什么不满就抬出神舆，在手持武器的僧兵的护卫下上京强诉。而京都的武装却不足以阻止这种现象，为此白河法皇也苦恼不已。为了保卫自己的安全，白河法皇开始组织所谓“北面武士”，“西面武士”等武装团体负责自己的护卫。为了彻底解决僧兵强诉的问题，白河法皇于承德二年（1098年）授予源义家正四位下的位阶和“天下第一勇士的称号”。获得殿上人身份的义家十分感激，立即利用源氏的武力镇压了僧兵的强诉。
堀河天皇在位时不理政事，只好吹笛。当有大臣向他请示政务时，他总是说“照白河法皇的意思办！”可是白河法皇还不放心，于是让堀河天皇取了自己的妹妹笃子内亲王。由于是近亲结婚，而且两者年龄相差太大，因此皇后一直没能生子。康和五年（1103年），堀河天皇的一位妃子生下了宗仁亲王，白河法皇十分高兴，立刻下令立为太子。嘉承二年（1107年），堀河天皇病死，宗仁皇太子继位，是为鸟羽天皇。由于鸟羽天皇年幼，仍由白河法皇实行院政。
就在前一年，源氏的栋梁源义家去世。其继承人次子源义亲在康和三年（1101年）因为在对马实施暴政，被白河法皇派伊势平氏出身的平正盛带兵镇压，并把他流放到隐歧；但他仍然不老实，又逃到出云做乱，最终死于平氏讨伐军之手。义家的三子源义国因在他去世的当年与叔义光在常陆相争，而遭禁闭处分。因此义家死后，由四男义忠继承了家业；但三年后，义忠被人刺杀身亡，当主之位又传给了义亲之子，义忠的养子为义。经过这一系列变故，源氏势力大为削弱。而伊势平氏势力由于平正盛镇压源义亲之功而得以扩大。永久元年（1113年），正盛之子忠盛又因为捉捕盗贼有力而出名；其后父子二人又镇压了僧兵的强诉。大治四年（1129年），忠盛受命捕捉濑户内海的海贼；天承二年（1132年）因此立功而获得殿上人身份。这样一来，平氏逐渐超过了源氏的地位。
永久五年（1117年），鸟羽天皇十六岁之时，白河法皇将权大纳言藤原公实的女儿，自己的养女璋子送入宫中，次年生子显仁亲王。然而据传白河法皇和璋子之间有不正当的关系，而鸟羽天皇对此也有所闻，因此他对于这个“儿子”的出生并不是很兴奋。保安四年（1123年），白河法皇让鸟羽天皇退位，显仁亲王继承了皇位，是为崇德天皇。崇德天皇继位后的第四年大治二年（1127年），本文的主人公雅仁亲王（后来的后白河）出世。
如前所述，我们的主人公出生在这样一个环境下：地方上源氏和平氏武士集团开始兴起；中央政权里院政和摄关藤原家即相互防范，又相互利用；皇室内部，鸟羽上皇对其祖父白河法皇非常不满，对和白河法皇有不可告人关系的璋子和其子崇德天皇十分讨厌。
保元之乱
雅仁亲王如前所述是大治二年（1127年）出生的，其父为鸟羽上皇，其母为侍贤门院藤原璋子，其兄为崇德天皇。如前所述，其兄似乎是其母和白河法皇之子，所以不为鸟羽上皇所喜欢。而且其兄身体虚弱，因此对于雅仁亲王的出生，白河院和鸟羽院都非常的高兴。一时间雅仁极有可能成为皇位的继承者。然而大治四年（1129年），曾祖父白河法皇去世，其父鸟羽上皇开始实施院政。对白河院积怨已久的鸟羽上皇解除了白河法皇发布的禁止杀生令，并起用前关白藤原忠实，利用摄关体制进行统治。在人事上，鸟羽上皇排斥了白河法皇时代的所有大臣，自己建立了一套政治班子。除了在政治体制上推翻白河法皇时代的东西外，在宫廷内部，鸟羽上皇也开始疏远雅仁亲王之母，与白河院关系密切的侍贤门院藤原璋子，转而疼爱美貌与智慧并重的美福门院藤原得子。保延四年（1138年），美福门院得子生下体仁亲王，鸟羽上皇当即立他为皇太子；雅仁亲王暂时失去了继承皇位的可能。保延五年（1139年），雅仁亲王元服。同年，雅仁亲王取了藤原经实之女，左大臣源有仁的养女懿子为妃。一年后，鸟羽上皇让崇德上皇让位，由体仁亲王继承皇位，是为近卫天皇。康治二年（1143年）六月十八日懿子在为雅仁亲王生下儿子守仁亲王时去世；美福门院藤原得子于是收养了守仁亲王。久安元年（1145年）八月二十日，雅仁亲王之母侍贤门院藤原璋子去世。久安六年（1150年），雅仁亲王之子以仁王出生。
当时，摄关家的藤原忠实有两个儿子，长子摄政关白忠通与父亲关系不太好；次子赖长因为博学多才而深得父亲的喜爱。两人的首次交恶表现在近卫天皇的立后问题上。久安六年（1150年）一月十九日，赖长把自己的养女，妻弟藤原公能之女多子送入近卫天皇的后宫。二月七日，当时身为左大臣的赖长上书请求立多子为皇后。作为对应，当月十一日，忠通联合美福门院安排美福门院的养女，忠通的犹子，藤原伊通之女呈子进入近卫天皇的后宫；并奏请鸟羽上皇立呈子为后。宠爱美福门院的上皇口头答应了此事。次日，赖长以摄政关白之女做皇后有违先例为由请立多子，结果被鸟羽上皇以后朱雀天皇时已有先例为由驳回请求。焦急的赖长于是找父亲忠实商谈；次日，其父忠实再次进言请立多子。面对摄关家的不同意见，鸟羽上皇收回了以前的口头承诺，只是催促摄政关白忠通早点确定人选，结果这件事就拖延了下来。二十三日，忠实再次上书，言词恳切。上皇于是召见忠实，忠实哭泣着请求法皇立多子为后。最后，决定立多子为皇后的旨意于次日下达，多子于三月十四日正式成为皇后。赖长因此事与忠通和美福门院关系恶劣。同年九月二十五日，出于对赖长的偏爱，忠实要求忠通把摄政之位让给赖长，结果为忠通拒绝。一气之下，忠实于次日剥夺了忠通藤原氏长者的地位，把它转给了赖长。在鸟羽上皇的调停下，以近卫天皇已元服为由，忠通于十二月九日辞去摄政之职，只留任关白。仁平元年（1151年）九月，源季房通过关白忠通向上皇报告说“赖长策划着让近卫天皇退位，由新帝继位”从而使赖长失去了上皇的信任。赖长在失去鸟羽上皇的信任后，转而亲近崇德上皇。
仁平三年（1153年）九月十四日，近卫天皇患上眼疾，病情严重。美福门院和关白忠通于是策划让近卫天皇退位，由美福门院的养子守仁亲王继位。九月二十三日，忠通之父忠实跟上皇说：“忠通要立年幼守仁亲王为帝是要作为摄政掌握大权；在守仁亲王的父亲雅仁亲王还在世时立守仁亲王是不合乎常理的。”对忠实的这段话，上皇深以为然。久寿二年（1155年）七月十三日，十七岁的近卫天皇病逝，而且没有留下子嗣。当时，崇德上皇希望由他的儿子重仁亲王继承皇位，美福门院和忠通则希望让守仁亲王继承皇位。鸟羽上皇自然不会同意崇德上皇的要求，但对忠实先前所言也很重视。于是最终决定让雅仁亲王继承皇位，并立守仁亲王为皇太子；这就是后白河天皇和后来的二条天皇。面对被自己评价为“即不能文，也不能武”的弟弟的继位，崇德上皇自然是十分不满；何况由守仁亲王作为太子实际上标志着他的后代与皇位已经无缘了。心有不甘的崇德上皇于是和赖长开始谋划如何武力夺取权力。
如前所述，自白河法皇开院政以来，院厅和天皇的护卫主要依靠“北面武士”，“西面武士”这样的武装团体。自从源氏衰落以来，在鸟羽上皇身边护卫的主要是平氏势力。然而源氏势力也并没有闲着，源氏的当主为义把其诸子派往各地，整合当地的武士团。其中长子义朝把关东武士团纳入了自己的麾下；但其弟为朝在九州却闹出事端，导致为义被去职隐退。然而源氏势力仍是一支很大的势力，而且他们得不到鸟羽上皇的重用，并且与鸟羽上皇身边的平氏势力有竞争关系。这样一支势力和崇德上皇一拍即合，从而形成了鸟羽上皇加藤原忠通加平氏对崇德上皇加藤原赖长加源氏的局面。当然这其中也有例外的情况，比如摄津源氏的源赖政，早年从河内源氏本家分离出去的源义国之子源（足利）义康，以及和乃父不和的源义朝就站在鸟羽院这边；而崇德院那边也有平忠正，平家弘，平康弘等人。
保元元年（1156年）六月，鸟羽上皇病重；鉴于崇德一派可能在上皇死后做乱，上皇命平清盛，源义康，源义朝等人立誓向美福门院和后白河天皇效忠。七月二日，鸟羽上皇终于去世，后白河天皇立即给检非违使源义康下令，令他限制京中武士的行动。五日，源义康，源义朝，平基盛等人奉命入参后白河天皇，商议如何应付崇德上皇方可能发动的叛乱。最后决定，由义朝，义康等人留守高松殿，其他人则到通往京都各要道的关口把守。其中平基盛沿宇治路南下向大和路方向行进。刚一出京都，就在法性寺边上的一之桥遭遇到袭击。对方的领军者是下野权守源亲弘之子源亲治，他是应左大臣藤原赖长的邀请，前来支援崇德院一方的。刚开始由于亲治的武勇，二十多骑亲治方却逼的一百多骑的基盛方退往法性寺。后来得到高松殿支援的基盛大败亲治方，并且生俘了亲治和他手下的十六骑。大获全胜的基盛获得了后白河天皇的奖励，把当时才十七岁的他的位阶提到正四位下。在确知崇德上皇和赖长已经叛乱之后，后白河天皇向各国司下令，命他们阻止忠实，赖长在自己的庄园召集武装；并派遣义朝去查抄赖长的东三条邸。
此时的上皇和赖长正在白河殿集结兵力，参加这一方的有左京大夫教长，近江中将成雅，四条少纳言成隆，山城前司赖资，美浓前司保成，备后权守俊通，皇后宫权大夫师光，右马权头实清，式部大夫盛宪，藏人大夫经宪，皇后宫亮宪清，能登守家长，信浓守行通，左卫门佐忠康，勘解由次官助宪，桃院藏人赖纲，下野判官代正弘，其子左卫门大夫家弘，右卫门大夫赖弘，大炊助度弘，右卫门尉实弘，文章生安弘，中宫侍长光弘，左卫门尉盛弘，平马助忠正，其子院藏人长盛等四兄弟，六条判官为义，源为朝等源家兄弟六名。总计一千余骑。后白河方则在高松殿集结，参加这一方的有关白忠通，内大臣实能，左卫门督基实，近卫中将公亲，左中将光忠，藏人少将忠亲，右少辩资长，右少将定实，少纳言入道信西，春宫学士俊宪，下野守义朝和关东的三百骑，安艺守清盛和他的手下，备前，备中的五百骑，兵库头源赖政的两百骑，佐渡式部大辅重成的百骑，陆奥新判官义康的百骑，出羽判官光信的百骑，周防判官季实的五十骑，隐岐判官维繁的七十余骑，平判官实俊的六十余骑，进藤判官助经的五十余骑，和泉左卫门尉信兼的八十余骑，总共一千七百余骑。从双方参与者的身份和军队数量来看，后白河一方显然准备较为充足，略占优势。在这种情况下决定胜负的恐怕是双方的策略了。
崇德方的左大臣赖长询问有何策略时，源为义提出或者从宇治退往近江，等待东国武士来援，再攻打后白河方；或者奉崇德上皇下关东，召集关东的武士，然后再反攻京都；但赖长认为这两者都不可行。源为朝于是建议：“占领敌人阵地，攻陷敌城而取得胜利的方法中，没有比夜袭更好的了。因此，我建议在今晚袭击高松殿，在其三面放火，在剩下的这一面埋伏好箭手，一旦有人从里面跑出来，就用箭射死，这样他们不是死于火中就是死于箭下。天皇那一方中比较不好对付的敌手只有哥哥义朝而已，他一出来，为朝就用箭射穿他的铠甲；至于清盛之流就更不在话下了。我只需要放两三箭，胜负就决定了。大概今晚之前就能把天皇抓到这里来。”赖长也否决了这个提议。他的理由是“夜袭不是有身份的人该做的事，更何况这次是上皇和天皇的国争，怎么能采用夜袭这样的下等手段呢。”他认为只要等待大和，奈良的僧兵到来就行了。左大臣的话自然比当时无官无职的为朝说的话有力，因为此方案也未被崇德上皇采纳。就在同时，后白河通过其宠臣通宪（信西）询问义朝相同的问题。而义朝也作出了类似的回答“合战的方法有很多种，但要一下子战胜敌人，夜袭是最好的方法。我得到消息，奈良和吉野的一千骑支援上皇的军队今晚就要到达宇治，明早就要进入京都，我们应该在此之前就发动进攻。建议由清盛留守御所，义朝现在马上出征，今晚就能分出胜负。”后白河同意了义朝的意见，派出平清盛，源义朝，源义康等从三个方面包围白河殿。同时，后白河天皇为了安全移到了东三条殿。
此时崇德方却在为明天的决战举行叙任式，其中为朝被任命为藏人。首先到达白河殿的平清盛军遇到的就是为朝率领的军队。作为前锋的伊藤景纲，及其子伊藤五，伊藤六在与为朝对答了几句后就被为朝射死。平清盛因此放弃了对为朝所守卫的门的攻打而转向别的门。以撤退为耻的平重盛要与为朝一决胜负，结果引起更大的伤亡。山田小三郎伊行，深巢七郎清国，大庭平太景义等人为为朝所杀。此时源义朝的军队赶到，取代了平氏军队与为朝做战。同时，兵库头源赖政率军在攻打东门，以渡边一族为首的一部已经攻入门内,但上皇方面的平马助忠政，多田藏人大夫赖宪却拼死抵抗；守卫西门的六条判官为义率领着五个儿子奋战着；战斗一时呈现胶着状态。在敌人的援军到达的拂晓之前，义朝向转移到东三条殿的后白河献了一个策略，建议火烧白河殿。后白河立即接受了这个策略，义朝于是向白河殿放火。火势很快蔓延开来，结果白河殿内的女官，女眷纷纷要逃出这个地方。这严重影响了白河殿武士的斗志，结果造成全面的崩溃和逃跑。
最后的结局是崇德上皇被流放讚岐，重仁亲王出家。赖长之父忠实遭禁闭，其四子被流放，赖长本人则在逃跑中受伤而死。平忠正及其四子为平清盛所处斩，源为朝及其子为源义朝所处斩。绝迹了三百四十七年的死刑也因此再次复活。源为朝因为武勇过人而遭特赦，被流放伊豆大岛。
保元之乱的导火索是崇德上皇和后白河之间的皇位之争，是关白忠通和左大臣赖长的权势之争，然而这种争斗却引入了新的因素，这就是武士的力量。无论是天皇家还是藤原家都没有足够的军事能力进行这种争斗了，不得不依靠源氏和平氏的武力。武士阶层也借此机会介入了中央政权中，开始了武家势力取代公家势力进程。这场保元之乱对后白河来说，实际上是他继位之前的矛盾在他统治期间进行清算。他完全可以说是不自觉的被卷入了这场纠纷，他这方面的一切都由忠通和美福门院替他筹划好了，就是战斗中的具体问题也由信西替他谋划。然而他却是这场战乱的最大受益者，经过这场战乱，他确立他在朝廷的统治地位。
平治之乱
保元之乱之后，后白河天皇实现了亲政。他在博学多才的藤原信西（藤原通宪出家后的法名）的辅佐下，进行了一系列的改革。这其中比较重要的是制定了《新制七条》，设立了庄园券契记录所来整顿庄园，宣布凡久寿二年（1155年）七月二十四日后设立的，没有合法券契的庄园一概废除。同时，禁止寺社的神人和僧侣的不法行为，命令神社、寺院及国司控制神人的数量，管束僧侣的行为。另外，他还让藤原信西重建了皇居；保元二年（1157年）十月，新皇居落成，后白河天皇立刻迁入。为了维护京城治安，他还下令禁止携带武器在闹市走动。经过这一系列改革，后白河天皇自认为天下已经太平了；于是让位给儿子守仁亲王，是为二条天皇，后白河则以上皇的身份行使院政。
后白河的院政主要依靠藤原信西辅佐，以致藤原信西权倾朝野。由于上皇执掌院政，所以已经成年的二条天皇就不能行使权力；因此作为二条天皇养母的美福门院及天皇身边的公卿藤原经宗，藤原惟方就对为上皇出谋划策的藤原信西非常的不满。另一方面，同为院宠臣的藤原信赖也与信西关系很不好。信西曾把信赖比作安禄山，信赖也曾说信西是出世的邪魔。保元之乱的恩赏也引起了矛盾。本来保元之乱中头号功臣应该是献策并奋勇杀敌的源义朝，而且义朝为了尽忠还亲自杀了自己的父亲和兄弟，结果由于信西为清盛说了好话，于是清盛获得播磨守之职，而义朝只是获得左马头之职。其后，义朝为了接近信西而策划让其女嫁给信西之子是宪，但为信西所拒绝。而拒绝了义朝的信西却主动让自己的儿子成范取了清盛之女。为此义朝对信西和清盛二人恨之入骨。于是这三方势力联合起来意图打倒信西和清盛。
平治元年（1159年）十二月四日，平清盛和其嫡子重盛等一族去熊野参拜。信赖和义朝认为这是举兵的大好机会。信赖的策略是监禁后白河上皇，并以上皇的名义杀掉信西，剥夺清盛的官位并把他放逐出京都。九日晚，义朝和信赖的军队，涌向院厅所在地东三条殿。面对突然的袭击，而又得不到清盛的帮助的后白河上皇准备备车逃往比叡山；然而信赖发现了这一点，并命令武士迅速占领各门。武士们在占领各门的同时，开始对东三条殿放火。随着东三条殿的大火，战斗陷入了混乱状态。无论是本来守卫院所的士兵，还是打算逃出火场的女子，都遭受到了刀箭的袭击。在以防止后白河上皇逃跑为第一要义的战斗中，因为据说上皇可能男扮女装，所士兵对每个逃出来的人都不放过。就在同时刻，另一支军队正在袭击信西的住宅，并在那里放火；然而信西已经不在了。对信赖等举兵有所察觉的信西已于当天下午，在告知家人和孩子此事并说明要逃亡南都之后，独自一人向奈良逃去。在大道上逃跑的信西，感觉到敌兵不久就要追到；于是在土中挖了个洞，找个个竹筒开了个孔，然后把自己埋到土里并通过竹筒呼吸。大队的敌军一路向奈良追去，却发现信西挖坑的地方有点不自然，于是在土中找到了信西。信西当场被杀死，只是把头带回了京都。由于实力悬殊，东三条殿很快被攻陷了，后白河上皇本人落到了信赖的手里。后白河最后被幽禁在其姐上西門院统子在大内的一本御書所里。同时，在大内附近也派驻了军队，把二条天皇也囚禁监视起来。自以为已经全胜的信赖马上进行了叙位。藤原信西，平清盛被剥夺了官位；留在京都被捉住的信西的之子俊宪，贞宪，成范都被免官流放。信赖自己出任近卫大将，义朝出任播磨守。就在此时，义朝的长子负责源氏东国所领土地经营的源义平也来到了京都。义平当时虽然才十九岁，但由于他曾经讨取了其叔父带刀先生义贤而拥有“恶源太”的称号。义平建议立刻讨伐平清盛，志得意满的信赖却拒绝了这个建议。
正在去熊野途中的清盛于十日得到了京都六波罗府邸的快马来报得知了这场叛乱。就连清盛事前也没预料到这场叛乱，因此对于敌人的详情完全不了解。在回程的途中听到了“在和泉国阿倍野，义朝的长子恶源太义平带领三千军队在那里等待”的传言。另一方面，对隔鸭川与京城相对的六波罗府邸的状况也不清楚，这导致他对一族，家臣和属下的安全的担心。由于参拜时所带领的军队不足，清盛曾一度想先到自己的根据地伊势和四国积蓄力量，然后再发兵上京；然而其长子平重盛却认为应该立即回京讨伐国贼。当清盛提出“军队太少，恐怕在和泉的野战都无法取得胜利”时，重盛反驳道：“父亲一定以为如果现在我们从纪州和歌浦远渡到阿波，讚岐召集更多的军队再上京就会有更大的胜算吧。但是信赖可以以上皇院宣的名义向全国发布讨伐我们的命令。到那时，军队更加难以聚集，战斗也变的不可能。所谓时不我待，请立即返回京都吧。”于是平家一门报着必死的决心向京都进发，结果在和泉并未遇到所谓的源氏军队，反而碰到了从伊势来援的一千多骑平家武士；军队的士气由此大增，一路向京都跑去。十九日，清盛到达伏见稻荷神社，他把神木杉的树枝放进了铠甲里，然后就进入了六波罗。幸而六波罗还没落到敌人手中，清盛以下的诸将对能和待在六波罗，随时可能遭受源氏军袭击的家臣见面而感到高兴，但是谁都没有因此而松懈。
平清盛在乱后仅仅十日就返回了鸭川对岸的六波罗的消息，很快就传到了信赖那里。在平清盛回程的这段时间里，信赖和义朝什么也没做，因为他们完全沉浸在胜利的喜悦中了。在这十日的时间里，他们完全可以包围六波罗，然而现在已经来不及了。然而信赖他们并没有完全输，源义朝的军队还占领着大内，其勇敢不亚于平氏的军队。而且只要后白河上皇和二条天皇被囚在皇宫中，平清盛也不能动手。反过来说，只要掌握了上皇和天皇，信赖他们就没有输。由于这个原因，双方暂时对峙着。这时清盛向信赖，义朝送来降服的表示，这只是清盛的策略而已；但信赖，义朝却信以为真而放松了警惕。实际上清盛正在利用这段时间设法营救上皇和天皇。由于对信赖和义朝的无能感到不满和不安，藤原经宗和藤原惟方倒向了清盛一方。在他们的安排下，后白河上皇伪装成公卿成功逃往仁和寺。就在同时，大内的二条天皇也在试图逃出。天皇戴上假发装成女子，乘坐牛车准备离开皇宫。在这战乱的年代，一个女子乘牛车出门，是非常可疑的；门卫于是烂住了这牛车，然而他看到是与义朝关系亲密的公卿藤原惟方。惟方当时是检非违使别当，这是负责京都警察权的重要职务。但是由于太可疑了，连惟方的存在门卫也视而不见，仍然掀起了牛车的帐子。但是天皇当时才十七岁，再加上化妆巧妙，武士没有看出他是假扮成女人的。于是这辆车就被放行，从大内缓缓的出来了；然而一到土御门通，这辆车子就加快了速度。到达土御门西洞院时，有马队拦住了马车的去路，在马上是平清盛的长子重盛和他的弟弟赖盛，经盛三人。得到平家武士保护的天皇安然无恙地到达了六波罗府。
二条天皇进入六波罗之后，清盛立即宣布了这一消息；并宣称现在六波罗才是真正的大内，原来的大内不过是国贼的巢穴，不愿意成为国贼的，赶快到六波罗来。得知这个消息后，前关白藤原忠通，其子藤原氏长者关白近卫基实，太政大臣，左大臣，内大臣等陆续从大内来到了六波罗，其他倾向于清盛的公卿和武士也相继离开了大内。在六波罗举行的公卿会议上，清盛保证不火烧大内，但是又能让逆贼受到惩罚，并发誓要镇压国贼。在此期间，聚集到六波罗的军队持续增加；最后，清盛之子重盛作为总大将统计了兵马数量，总共有三千余骑。另一方面，藤原信赖直到上皇和天皇出逃的次日才知道这件事。得知此事的他先是不敢相信，后来惶恐的他立即把事情告知了源义朝。得知这个消息的源义朝否决了攻击仁和寺，捉住上皇本人的建议，而决定与平氏一决雌雄。他手下的将领二百人，总兵力二千骑。这些人都是自从八幡太郎源义家到达关东之后世世代代跟随源氏的武士。藤原信赖身体着盔甲，作为总大将骑在奥州的藤原秀衡献给上皇的马上。源氏方面由大将义朝带领，后面跟着长子“恶源太”义平，次子十六岁的朝长，和三子十三岁的赖朝。就在此时，平重盛率领的三千的军队，分三路向大内包抄过来。
义朝下令打开阳明门，郁芳门和待贤门，做好迎击平家军队的准备。平氏总大将重盛带领自己手下一千士兵中的五百人来到了待贤门。守卫待贤门的是信赖，他一看到全副武装的重盛就吓的躲到大内里面去了。主将还没打仗就掉头跑了，士兵们也没了斗志，此门很快被攻破了。但是在奉源义朝之命赶来守卫待贤门“恶源太”义平的奋战下，重盛的军队又被赶出了大内。一下子失去了五百骑的重盛，带领剩下的五百骑再次攻入门内，但是由于义平英勇的战斗而又被赶出门外，而且重盛还受了伤，被迫沿二条通向东逃跑了。在其他的门，源氏方面的优势也很明显，义朝于是冲出大门亲自向平氏军队方面出击。源氏军与留存的小股平氏家军队一边打斗着，一边向东面移动。但是这其实是清盛事先准备好的策略，在用小股军队引出源氏军队后，平家军队很快从后面攻入大内，并关上了大内的门。失去退路的义朝反过来渡过鸭川，向东边的清盛居住的六波罗攻去。混乱中，已经胆战心惊的信赖逃走了；但是这并没有影响源氏军队的士气。在义朝的号令下，义平率领五十多个士兵突破了六波罗的门。清盛完全没有预料到这一点，于是冒着箭雨慌忙从房中冲了出来。在清盛的鼓舞下，平家的军队总算缓过劲来，双方夹着六波罗的门进行了很长时间的攻防战。不过，只顾攻击的源氏军队在不断放出生力军的平家军队面前逐渐露出了疲态，最终不得不撤退。在撤退的途中，失去根据地的军队开始出现逃兵。
义朝沿河向北逃去，途中遇到了先前逃走的信赖；信赖请求义朝带他一起逃到东国，愤怒的义朝骂了他一顿，然后用鞭子狠狠地抽了信赖一下就离去了。失去希望的信赖身着死人的装束，前往上皇所在的仁和寺投降乞命。途中他被人捉到了六波罗，受到了平重盛的询问。最后，平清盛以天皇有命为由驳回了他向上皇的请求，并命令把他拉到三条河原处斩。源氏的大将源义朝，越过途中峠来到坚田，沿着琵琶湖打算逃往东国；以长男义平，次男朝长，三男赖朝为首的诸将也跟从着。然而在途中义平，赖朝与父亲走散了；朝长的伤势也恶化了，不能继续行走；于是朝长提出自杀，并请父亲义朝帮助他介错。虽然士兵们请求带着朝长，可是如果要逃到东国去的话，不能行走的人是个累赘；于是义朝在途中的寺院帮助儿子自杀了。在义朝逃往东国途中，新的一年来临了。保元二年（1160年）正月三日，尾张国长田庄的土豪袭击并刺杀了义朝。长田一族本是义朝的姻亲，但一方面畏惧平家的势力，另一方面为了想得到奖赏，长田一族就杀了义朝并把他的头送到了六波罗。“恶源太“义平潜藏在比叡山中，一边与搜索他的僧兵作战，一边整顿军队。在得知义朝的死讯后，他潜入京都，意图暗杀清盛，结果被捉住，在六条河原被斩首。在逃往东方国的途中与父亲义朝走散的三男赖朝，在追赶父亲的途中在尾张被捉住；于永历元年（1160年）二月九日被送到六波罗。由于怜悯十三岁的赖朝，平清盛的继母池禅尼向清盛请求减轻对他的处罚；清盛开始并不同意，但池禅尼提到清盛之父后，清盛就同意把对赖朝的处罚改为流放到伊豆国的蛭岛，并决定让坂东平氏的支流北条时政监视他。同时，义朝以美貌而闻名的妾室常盘为义朝生了三个儿子。义朝死后，她为了躲避追捕带着孩子逃到东山去了。早已得知常盘和那些孩子的清盛，就让常盘的母亲去访问了她。虽然不知道她们谈了什么，但结果是常盘和其母为了孩子活命而亲自去了六波罗。为了保护这三个孩子的生命，常盘成为了清盛的小妾。虽然为世间的人所唾弃，但她还是忍受了。三个孩子中，八岁的长子今若在醍醐寺出家为僧，六岁的乙若成了八条女院屋敷的小坊主，三岁的牛若被寄放在鞍马寺，他就是日后的源义经。
平治之乱的导火索看起来是院臣的争宠和恩赏不公，但更深层次的原因恐怕是武士阶层对自己力量的觉醒。保元之乱使武士们感觉到凭借自己手中的武力就可以改变中央政权，源义朝的叛乱恐怕是这种思想的反映。平治之乱最终演变成了源氏和平氏两大武士集团的角力。在这场角力中，无论是信西还是信赖都不过是配角，因为他们连生死都掌握在这些武士手中，何况其他。在这场角力中，上皇和天皇成了取得胜利的工具，谁握有上皇和天皇，谁就是正义的一方，就可以获得更多的支持。最后平氏掌握了上皇和天皇，他们也取得了最后的胜利。源氏势力因此受到了巨大的打击，暂时无法于平氏相抗衡了。经过此次动乱，平氏成了唯一一支可以影响朝廷的武装力量，而且平氏更加了解到了自己的重要性，开始在朝廷中为自己谋取重要的地位。
平氏专权
如前所述，在平治之乱中，信西，信赖两位后白河上皇的宠臣全都惨死，而天皇派的藤原经宗和藤原惟方却因为倒戈而活了下来。身为权大纳言的经宗二条天皇的生母懿子的弟弟，参议惟方是天皇乳母从三位俊子之子，两人都是天皇亲政派的栋梁。此外经宗还是二条天皇身处东宫时的东宫权大夫，也是二条天皇养母美福门院得子的女院别当；惟方则是美福门院当皇后时的皇后宫权大进，也是二条天皇在东宫时的东宫大进；因此他们与美福门院关系密切。二条天皇是由美福门院养大的，因此他与美福门院的关系远比与父亲上皇亲密，美福门院也极力支持二条天皇的亲政计划。
平治之乱后，上皇方一时处于劣势，但他很快作出了反击。保元二年（1160年）一月六日，上皇移驾到八条堀川边的藤原显长宅邸。在那里他召见了平清盛，并对他表示了对经宗，惟方的不满。二月十日，平清盛率领忠景，为长和一众手下，逮捕了权大纳言经宗和参议惟方；然后把他们带到上皇面前，当场宣布了他们的罪状和对他们的制裁。二月十八日经宗，惟方被解除官位；三月十一日经宗被流放阿波国，惟方被流放长门国。不久二条亲政派的源光保和其子光宗因为有谋反嫌疑而流放萨摩，并死在途中。为了进一步加强与平氏的关系，后白河上皇取了平清盛的妻妹滋子，并于永历二年（1161年）生下了宪仁亲王（后来的高仓天皇）。作为对应，二条天皇以平教盛，平时忠意图使宪仁皇子成为太子为由，免掉了二人的官位，并免去其他六名院的近臣的官位。不久又以院近臣源资贤，通家父子在贺茂社诅咒天皇为由，流放了二人。应保二年（1162年）藤原经宗被召回，长宽二年（1164年）更出任右大臣。对于上皇和天皇的争斗，平清盛并没有倾向于任何一方。他一方面为二条天皇警卫，另一方面又为上皇修建莲花王院；在两者之间保持着巧妙的平衡。作为两派唯一可以依靠的武装势力的头领，平清盛的官位升的很快。永历元年（1160年）六月二十日叙正三位，同年八月，任参议，九月二日，任右卫门督，永历二年（1161年）任权中纳言，叙从二位。其女更嫁给了关白藤原基实，从而与摄关家也建立了关系。
永万元年（1165年）六月二十五日，二条天皇病重，让位给才两岁的顺仁亲王，是为六条天皇。七月二十七日，二条上皇去世。作为年幼的六条天皇的监护人，后白河上皇继续执掌着院政。终于实权在握的后白河采取了与平清盛协调的政策。想凭借平氏的武力背景强化院政的后白河和想以依靠后白河而使一门显达的平氏很快就达成了利害一致。两人都不拘于形式这一性格特点，使两人的关系一度十分协调。永万二年（1166年）六月，六岁的宪仁亲王被立为三岁六条天皇的皇太子。仁安二年（1167年），在后白河上皇的安排下六条天皇退位，他和平滋子之子宪仁亲王继位，是为高仓天皇。在此之前的永万元年（1165年）八月，平清盛出任权力大纳言，叙正二位；仁安元年（1166年）十一月十一日，任内大臣；仁安二年（1167年）二月十一日更越过右大臣，左大臣直接升任太政大臣，叙从一位；可谓官运亨通了。
当时清盛之子重盛为内大臣，左大将，次男宗盛为中纳言，右大将，三男为三位中将，嫡孙维盛为四位少将；平家一门公卿有十六人，殿上人有三十余人，可为一门的荣华；以至于大纳言平时忠扬言“非此一门，皆不是人！”永万元年（1166年）摄政藤原基实去世，在平清盛的干预下，基实的遗产大都留给了其女盛子。嘉应元年（1170年）十一月，重盛次男资盛与摄政藤原基房争道，与之发生冲突。受辱后的资盛告到清盛处，结果清盛派人报复了基房。这两件事使藤原家和上皇都开始不满平氏的专横。嘉应元年（1169年），上皇出家法名行真，是为后白河法皇。承安元年（1171年），高仓天皇元服，他取了清盛之女，后白河上皇的养女德子为妻。身为外戚的平氏想成为藤原氏那样的外戚，因为与摄关家和法皇的矛盾更加加深了。安元二年（1176年），平滋子去世，平家与法皇的最后纽带也消失了；不甘心失去权力的法皇开始着手对付平氏。
平家因为比叡山延历寺的天台座主明云是平清盛出家时的导师而和该寺关系十分密切。加贺守藤原师高的弟弟师经与白山的分寺浦泉寺的僧人争斗，结果放火烧了该寺的佛堂馆舍。白山是延历寺的分寺，师高，师经的父亲是后白河法皇的第一近臣西光，这件事就发展为政治问题了。安元三年（1177年）三月，延历寺向院厅施压，逼迫院厅处分二人；但是由于后白河用只准备处分师经，延历寺的众僧于是抬着日吉，白山的神舆上京强诉。后白河法皇以此为机会弱化平氏和延历寺的关系，命令平重盛负责都城的警备。结果平重盛调动军队射死了很多僧众，还用箭射到了神舆。迫于过度高涨的压力，后白河不得已把师高流放到了尾张。五月二十一日，在西光的怂恿下，后白河法皇以强诉事件为借口，解除了天台座主明云的职务，没收其领地，命他还俗，并流放伊豆。对此不满的僧众夺回了流刑途中的明云，并带回了叡山。后白河以违背院宣罪命令清盛之弟经盛攻击叡山,知道攻击叡山对自家不利的经盛拒绝出兵。于是后白河从福原召回了平清盛，以追捕造反之人的名义再次命令攻击叡山。清盛同意出兵，后白河破坏平氏和比叡山关系的策略似乎成功了。
在筹划攻击叡山的同时，法皇和西光，权大纳言藤原成亲在院近臣僧人宽俊的鹿谷别庄举行宴会。在宴会上，成亲等人向法皇表示了对清盛的不满，法皇也表示了对平氏势力的不放心。席间，酒醉的法皇推倒装酒的瓶子，并说道：“瓶（平）倒了。”院臣们也会心的笑道：“瓶（平）倒了。”西光更敲掉了瓶嘴，说道：“头也掉了。” 最后他们定下了暗杀清盛，放逐平氏家族这样的阴谋。然而六月一日，这个阴谋却被他们找来参与其事，但对事情成功失去信心的多田行纲报告给了平清盛。得知这一消息的平清盛停止了对叡山的讨伐，派人召来了西光，并对他进行了审问。西光经不住平家的拷打，把所有事情全部招了出来。结果清盛一怒之下，派人杀了西光。权大纳言成亲被流放备前国，并在那里被杀害。对于其他参与者的处罚如下：山城守中原基兼，左卫门少尉平佐行，平康赖，惟宗信房被解官；权力大纳言成亲之子丹波少将成经，俊宽僧都，左卫门尉平康赖的三人被流放鬼界岛；中原基兼被流放伯耆；平佐行被流放佐渡；惟宗信房被流放阿波。虽然得知法皇也参与了这场阴谋，但由于其子重盛的劝阻，清盛没有对法皇不利；但是清盛对后白河开始有了戒心。
治承二年（1178年）十一月十二日高仓天皇和清盛之女中宫德子之子言仁亲王诞生。十二月十五日，亲王被立为太子。治承三年（1179年）六月十七日，清盛之女，前摄政基实之妻去世，院厅没收了她留下的领地，并任命前大舍人头平兼盛管理。同年七月二十九日，清盛嫡子重盛去世，重盛的知行国越前国本来应该由其子维盛继承，但也为院厅没收了。十月九日，关白基房之子三位中将师家仅八岁就超过前摄政基实和从三位藤原忠隆之女所生的二位中将基通成为权中纳言。面对法皇的连连挑战，清盛以武力来回应。十一月十四日，清盛从福原带领数千骑士兵进入京都。十五日，平清盛让藤原基通取藤原基房而代之出任关白。同时，清盛以“自今以后，万机皆决于天皇”为由停止了后白河法皇的院政。十七日，藤原师家被解除了全部官位。另外，太政大臣师长以下的三十九名官员被解除官位，其中还包括院厅中的平氏家族成员。这些空额在此后的三日内由平氏的十四名成员和源氏，藤原，清原，高阶诸氏中亲平氏的人补充。十八日，前关白基房被贬为太宰府权帅，流放天宰府。二十日，清盛把后白河法皇幽闭于鸟羽殿。治承四年（1180年）二月二十一日，高仓天皇让位，有平家血统的言仁亲王继位，是为安德天皇。
经过保元，平治之乱之后，平氏成了唯一可以左右朝政的武装势力。后白河和儿子二条天皇的争斗，使得平清盛能够脚踏两只船，从中获得了很大的好处。六条天皇继位后，后白河想利用平氏势力进一步加强他的院政，结果平氏势力因此而膨胀。高仓天皇继位后，两者的关系发生了转变，一方面是获得权力的平氏越来越专横，另一方面，平氏想成为第二个藤原氏，这绝对是后白河院政的挑战。因此后白河开始对付平氏，然而缺乏武力支持的后白河只能搞些阴谋诡计。刚开始平清盛对此还忍让着，最后清盛忍无可忍，就幽闭了后白河，开始实行平氏独裁。
源平合战
对于平氏的专横，京都的公卿大臣都极为不满；其中有两个人合谋要打倒平氏，这两个人就是后白河法皇的次子以仁王和大臣源赖政。在赖政的建议下，以仁王向诸国源氏发出了讨伐平氏的令旨：“東海，東山，北陸三道诸国源氏並手下武士应早日追讨清盛法师和追从他反逆的人。”不久以仁王之举为平氏得知，平氏派出大军追讨。在源赖政和其子仲纲的掩护下，以仁王逃往园城寺，接着又逃往三井寺。以仁王和源赖政在逃往南都的途中，在宇治川附近的平等院为平知盛，平重衡所带领的军队追上。双方合战的结果是以多敌少的源赖政军大败，赖政自杀，其子及其他人讨死；以仁王在逃跑途中中流矢而死。以仁王的起兵虽然以失败告终，但却给平氏以极大的冲击。同时接到以仁王令旨意的诸国源氏纷纷起兵，八月源赖朝在伊豆起兵，九月木曾义仲在信浓起兵，源平合战拉来了序幕。
源赖朝是在平治之乱时讨死的源义朝的三子，因为长兄和次兄都死于平治之乱，赖朝可以说是源氏的嫡流。就在以仁王讨死的时候，赖朝从伯父源行家处得到了以仁王的令旨。当时的赖朝三十三岁，与负责监视他的北条时政之女政子结婚，因此他的行动实际上已经自由了；但是在他周围还有从属于平氏的武士山木兼隆，伊东祐亲，大庭景亲包围着他。经过一段时间的思考和准备，治承四年（1180年）八月，赖朝纠合了北条时政和父亲的遗臣三浦氏，千叶氏和上总氏正式起兵，以实现打倒平氏，为父报仇的梦想。第一个目标是山木兼隆。在赖朝军的突袭下，山木兼隆的手下大将堤信远的居馆被攻落；不久兼隆本人的居馆也被攻落。接着赖朝又把目标瞄准了大庭景亲的土肥；然而由于大雨阻塞了道路，本来应该来援的三浦氏军队没有按时到达。在石桥山等待的赖朝不想坐等，于是先行向景亲和伊东祐亲的联军发起进攻。石桥山合战的结果是赖朝大败，他抱着必死的觉悟逃往山中，最终从海上逃脱了。在相模湾遇到三浦军的赖朝，为了增强实力决定向安房国进军。暂时停留在房总半岛的赖朝向父亲的遗臣发去了催促状，请他们加入自己一方。饱受平氏和贵族统治之苦的东国武士，感念源氏过去的恩情，纷纷前来加入赖朝，光上总介广常一人就带来了二万军队；在石桥山惨败的赖朝很快就拥有了更多的兵力。在确立了御家人制度，确保了赖朝和属下的牢固关系之后，不战而收服关东武士的赖朝进入了镰仓。
得知赖朝进入镰仓的平清盛立即派遣了东国讨伐军,然而由于各地都发生了叛乱，实际能派出去的也只有六千人而已。讨伐军的指挥官是清盛的孙子维盛，是已经去世的重盛的嫡子。此人与刚毅的父亲完全相反，如此文弱的统帅使得平氏军士气低落。而东国武士却由于甲斐源氏的加入而拥有精兵数万。就在九月从都城出发的平氏军快要到达时，意图加入平氏一方的大庭景亲，伊东祐亲在骏河遭到源氏方的橘远茂的攻击而全军覆没，源氏方的士气达到最高点。十月，两军隔富士川两岸相对峙。周边居民为了躲避战斗而逃往山中或乘船到海上避难。夜间民众烧起了火堆，看到这些火光的平氏军以为被源氏军从水陆两路包围了，于是就逃走了。等到真正前来夜袭的甲斐源氏军到达那里，已经看不到人了，只是误把受惊飞起的水鸟当做了敌军，结果很快就发现了实情。结果真正的战斗还没有打响，平氏军就逃回了京都。就在富士川合战第二日，从奥州前来的源义经与源赖朝汇合。
就在赖朝在关东起兵的同时，木曾义仲也在信浓起兵。义仲是义朝之弟义贤之子。当义贤被恶源太义平所杀之后，当时还是婴儿的驹王丸（义仲）被斋藤别当实盛等人带到了信浓的木曾，交由驹王丸乳母的丈夫中原兼远抚养。十三岁时，驹王丸在石清水八幡宫元服，命名为木曾次郎义仲。治承四年（1180年）义仲接到以仁王的令旨，在宫之原起兵打倒平氏，跟随他的有中原兼远之子樋口次郎兼光，今井四郎兼平兄弟，根井行亲，海野幸广等人，兵力总共一千骑。 举兵的义仲首先在信浓的市原战胜了笠原赖直，占领了信浓全境。接着进入了父亲义贤的遗领上野的多胡庄；但是为了避免和赖朝在关东发生冲突，义仲又转向了北陆。治承五年（1181年）六月十四日，义仲军在善光寺附近的横田河原打败越后住人城四郎长茂所带领的六万平氏军，从而把势力扩大到了越后。
除了上述二人之外，在以仁王令旨的号召下，近江源氏，南都的僧兵集团，四国的河野氏，九州的菊池氏纷纷对平氏举兵。面对全国的反叛，平清盛强行把都城迁往他苦心经营的福原，然而此举导致了公卿大臣的极度不满，最后不得不重新迁回京都。与此同时，后白河法皇也派清盛之妻弟平宗亲与源赖朝进行联系。清盛虽然因为此事解除了宗亲的官位，但却没有做进一步处理；相反他迫于内外交困的情势请求后白河法皇重开院政，但是后白河法皇并没有立即答应。为了镇压南都的僧兵集团，清盛派四男重衡率领四万大军攻击奈良，杀伤僧人无数，并放火烧了东大寺，兴福寺等诸多寺院；平氏自此和南都佛教势力结下了深仇。治承五年（1181年）一月十四日，高仓上皇去世；后白河法皇接受了平清盛的建议重开院政。同年闰二月，平清盛去世。清盛的死后，后白河和平氏仍然维持着协作关系。对后白河来说，为了确保自己的院政和京都的贵族政权，平氏的武力还是需要的；而对平氏来说，后白河的存在就是他们是正义一方的标致。但是经历了平氏专权的后白河对平氏有种深深的不信任，他一方面与源赖朝保持着接触，另一方面与叡山僧众保持着良好关系，为抛弃平氏倒向源氏做着准备。
尽管法皇盼望源氏军早日入京，然而源氏之间却产生了纷争。寿永二年（1183年），一万多赖朝军进入了信浓，理由是义仲收留了背叛赖朝的志田义广和新宫行家。作为对应，义仲也派了八千军队与之对阵。实际的原因应该是两者对反平氏战争和源氏的领导权的争夺。最后在大夫坊觉明的调解下，义仲的把嫡子义高交给镰仓作为和平条件。义高表面说是作为赖朝的义子，实际上是作为人质。义仲此举可以看做是对赖朝源氏领袖地位的某种承认，也可以看做要与平氏决战，避免腹背受敌的策略。同年四月，平氏方的维盛，通盛带领十万大军向越中加贺边境进攻。义仲军前来迎击，首先在般若野击溃平氏的前锋部队。五月十一日，义气仲在砺波山的倶利伽罗峠与平氏主力对峙。当时义仲军总共不过二万五千余人，兵力处于劣势。义仲于是决定对在俱利伽罗峠山顶扎营的平氏军进行奇袭。半夜时，义仲从附近的乡村弄到了五百头牛，并在牛角上扎上火把，然后让牛打头阵冲在前面，并且让手下使劲的击鼓。听到地动般声响的平氏军队以为大量的源氏军队来袭，于是发生混乱并开始逃窜，结果纷纷跌落谷底。在俱利伽罗峠大胜平氏军后，义仲军又在安宅，筱原之役取得胜利。
战胜了平氏大军的义仲，一路向京都进发，只是到了越前才停了下来。因为要进入京都，必然要经过近江，而当地的比叡山僧众的态度还不是很明确。义仲派遣坊觉明带了一份具有威胁性的劝告书去叡山劝告；叡山众僧经过讨论拒绝了义仲的要求。得知这一情况的义仲因此进军到近江蒲生野。迫于义仲的压力，叡山方面放弃了平氏，转而站在义仲一方。七月二十四日晚，后白河法皇突然逃到叡山。二十五日，平氏一族带着安德天皇和三样神器逃往西国。法皇正是得知了这一消息而事先逃出京都的。二十六日，法皇把公卿召到了叡山，并向官军发出了讨伐贼军平氏军的院宣。二十八日，在义仲军的护卫下，法皇再次进入京都。进入京都后，法皇开始对义仲等人进行封赏。义仲被任命为左马头兼伊予守，和他一起入京的源行家被任命为备前守。所没收的平氏庄园五百多处中，一百四十多处赏给义仲，九十多处赏给行家。法皇开始时对义仲寄于厚望；然而义仲的军纪不好，在京中施实暴政；义仲本人也十分粗暴，对此法皇十分失望。不久两人又因为继位天皇问题而发生矛盾。当时持有三样神器的安德天皇和平氏逃往了西国，法皇于是打算让他所喜爱的安德天皇的弟弟，他的四子尊成亲王（后鸟羽天皇）继位。然而义仲却推荐法皇的孙子，以仁王之子北陆宫。虽然后白河法皇最后还是立了尊成亲王，但是他与义仲的关系更加恶化。后白河法皇秘密地和赖朝联系，要求他尽快上京。
再说逃到九州太宰府的平氏由于当地武士的袭击，而失去了许多家臣和武士，于是被迫又逃到四国。在那里平氏军成功镇压了反平氏势力，并在瓚岐的屋岛建立据点。后白河法皇为了把义仲调离京都，向他下达了讨伐平氏的命令。没有发现法皇本意的义仲，于九月二十日向西国出阵，只留下了樋口次郎兼光镇守京都。同时，平氏一方派遣从未打过败仗的平重衡为总大将迎击木曾军。平氏的船只的船头，船尾和中间都用绳索相互连接着，并且在船与船之间铺上甲板；这样一来，船与船之间就可以通行无阻，而且当船上发生激烈战斗时不会因为船失去平衡而倾覆。义仲军和平氏最终在备中水岛开始交战,。擅长海战的平氏军击败了义仲的先锋矢田义清，海野幸广率领的部队，义清，幸广二人讨死。同时，源行家的部队也在播磨室泊败给了平知盛的军队。战败的义仲本来准备重整旗鼓，然而却得到了法皇向源赖朝下达了讨伐他的院宣的消息。震怒的义仲立即集结军队，并于十月十五日返回京都。
面对返回都城的义仲，法皇开始强化御所法住寺殿的警备，在那里聚集了许多的武士。接着他向义仲发出了最后通牒，要他带领平氏讨伐军离开京都 。面对法皇的挑衅，义仲冲动之下于十一月十九日袭击了法住寺殿。本来追随义仲的武士大多站在法皇的一方；但是抱着从法皇处夺回北陆宫的目标，义仲军的干劲十足，结果取得了一边倒的胜利。战斗中，后白河之子圆惠和天台座主明云战死，法皇和后鸟羽天皇都被捉住幽禁起来。义仲还解除了法皇方面自三条中纳言朝方以下的四十九名公卿的职务，并没收了他们的领地；接着又解除了摄政近卫基通的摄政之职，由基通的叔父，松殿基房之子，年仅十二岁的师家担任摄政。寿永三年（1184年）一月十日，义仲被任命为作为武家最高荣誉的征夷大将军之职。
早已和法皇互通消息的赖朝于寿永二年（1183年）十月，命令义经和中原亲能以上年贡的名义率领五百骑向京都进发。当得知义仲幽禁了法皇，天皇之后，赖朝又于十二月命弟弟范赖为总大将的出兵讨伐义仲。范赖率领着约六万骑的大军和甲斐源氏的武田太郎，加贺美次郎，一条次郎，板垣三郎，稻毛三郎，熊谷次郎，猪俣小平六等人，到达了近江国筱原。他们在那里和义经军汇合，然后从濑多和宇治两个方向向京都迫近。而此时义仲方面，当初为了攻击背叛的源行家而由樋口次朗兼光率领出征河内的五万骑，等回到京都时只有一千骑了。义仲，今井四郎兼平等人率领其中五百骑防守濑多，而根井小弥太，楯亲忠，进亲率领的三百骑防守宇治。寿永三年（1184年）一月二十日，义仲军和镰仓军的战斗开始了。没有更多人手的义仲军，想依仗宇治川做为屏障阻止敌人过河；为此他们取下了桥板，在河边张网。然而两地的防线还是很快被攻破了；义仲逃出京都，向六条河原逃去。这场战役就是宇治川合战。
向六条河原逃去的义仲的最后的希望是再次遇见从幼年时就寸步不离的今井四郎兼平。义仲虽然知道和眼前的敌人纠缠，只会让更多的敌人追上来；但当附近的镰仓军队进攻时，义仲军还是迎击了。大概是在六条河原和三条河原中间，义仲军再次遭遇到镰仓的大军。义仲军一边与敌人交战，一边渡过鸭川，攻下栗田口，越过松坂向四宫河原逃去；最后义仲身边所剩下的只有七骑而已。在濑多范赖军处吃了大败仗的兼平也很担心义仲的安全，与剩下的五十骑突出京都后，又向琵琶湖畔这边过来。义仲也终于走到了湖畔，与兼平再次相会。再次与兼平相会的义仲，扬起了兼平从战场带来的旗帜，从而召来了三百名逃散的木曾军士兵。就是这三百名士兵和义仲一起挑起了最后的战斗。混战中，木曾军的人数不断地减少；楯亲忠和手冢光盛战死，听从义仲阻止没有殉死的巴御前从战场逃脱；战场上最后只剩下义仲和兼平的二骑。眼见无法取胜的二人最后自杀身亡。
战胜义仲后，义经，范赖军所面对的就是趁着镰仓军和义仲军对战时恢复实力，并进军到摄津福原的平氏军。当时平氏在福原附近的一之谷岩聚集了十万余骑的军队。而一之谷岩西边是一之谷的城户口，东边是生田之森的城户口，是个东西约三里长的岩，岩的背后是象屏风一样环绕着的山脉，那是个地势非常险要的岩。在一之谷的城户口防守的大将为平忠度；生田之森的城户口防守的大将为平知盛，其弟平重衡为副将。义经，范赖一进入京都，源赖朝就向后白河法皇表示讨伐平氏的意愿。然而出于势力平衡的需要，后白河法皇以三样神器还在平氏手中为由，请求赖朝暂时不要与平氏开战。接着法皇召集了公卿商量此事，结果大部分公卿都支持讨伐平氏。尽管如此，后白河法皇仍然坚持派遣静贤法师前往平氏的据点屋岛，提出以安德天皇和平氏交出三样神器做为双方讲和的条件。赖朝并没有接受法皇的安排，静贤法师从京都出发后不久的一月二十九日源氏的平氏讨伐军就出发了。
从京都出发后，源氏军队兵分两路。其中一支五万六千骑的军队由大将范赖，武田信义，梶原景时及其子景季，景高，景家率领，沿西国街道进军。这一支军队沿西国街道西下，攻击一之谷东边的城户口。另一支二万余骑由义经率领，跟随他的有安田义定，畠山重忠，土肥实平，熊谷直实，直家父子等镰仓宿将和武藏坊弁庆，伊势义盛，佐藤继信，仲信兄弟等一直跟随义经的手下。这一支军队从丹波路迂回，经过小野原，三草山向播磨的三木进军。接着从那里向西南进发到达明石，然后乘船向东到达一之谷西边的城户口。除了上述路线外，还有从三木向东南的山中进发，从鹎越的难所转到一之谷背后的这条路线。到底要走哪条路线，当时义经也不是很清楚。就在同时，平氏军的平资盛率领数千骑在三木附近的三草山准备迎击义经。到达小野原的义经察觉到三草山的平氏军队的意图，于是召开了军事评定，最后决定进行夜袭。当晚，义经亲自带领全军袭击了平氏军；完全没有预料到夜袭的平氏军被源氏军突入了；平氏军因此大败，作为大将的资盛没有回到一之谷，而是逃往了屋岛。追击逃跑的平氏军而到达三木的义经军于二月六日在该处兵分两路。由土肥实平率领的一支七千多骑沿明石川南下明石，然后从明石沿海东下，攻击一之谷西边的城户口；由义经率领的另一支三千多骑，向鹎越的难所前进。
向鹎越进发义经，在出了蓝那后再次分兵两路。一支是由多田行纲率领的主力，向山之手口进发；另一支则由义经带领从幼时培养的家臣七十骑从高尾山进入山中，前往鹎越。面对艰险的道路，义经命令武藏坊弁庆寻找向导；最后被找来的是鹫尾三郎经春。当时鹫尾三郎经春还没有名字，因为他是三男，而义经把名为鹫尾的一文字给了他，所以就用鹫尾三郎经春这个名字。就在同时，熊谷直实，直家父子，平山季重等五骑到达一之谷西边的城户口。七日上午六时，直实向平氏军报上了自己姓名，决战终于拉开了序幕。直实等人与平盛嗣，上总忠光，景清等人交锋；由于寡不敌众，直家受了伤，眼看五骑就要被讨取了。这时，从明石进军的土肥实平的七千多骑到达，源平两军展开了激战。在东边的生田之森的城户口，在上午六时左右也开始了战斗。早就预料到源氏军的到来，平氏做好了充分的防御准备，源氏军因而无法突破平氏军。这时，梶原景时，景季父子突入岩中奋战，但是由于平氏军士气高涨，景时只好退出到岩外。当发现儿子景季还没出来时，他再次冲入了岩内，从一个武士手中救了盔甲被打掉的儿子；最后景季穿好了盔甲，两人退了出去。
向鹎越前进的义经，终于到达了山顶；往下面一看，战斗已经开始多时了。义经率领的七十骑武士也想加入战斗,但是他们面前的是险峻的，马匹难以行走的山坡。作为实验，义经赶了二匹马下山；其中一匹折了脚倒下了，但另外一匹却平安的下了坡。看到这个结果，义经骑着马跑下坡去；接着其他武士也一个接一个下了坡。据说此时，畠山重忠因为爱惜马，而把穿着铠甲的马背在身上下的坡，其他的武士都对重忠的力气感到吃惊和赞赏。平氏的军队正为防守东西两边的城户口而拼命；在山背这边只在山之手口派了平通盛为大将，平教经为副将固守。对于义经等人从山坡上发动奇袭，平氏军完全没有预料到。义经等人于是成功突入了一之谷，并造成了很大的混乱，义经乘机在一之谷馆放火。以为已经大败的平氏士兵边打边逃向水边，争着上船逃走。由于一之谷馆内的混乱，保护东西城户口的平氏军也开始撤退；源氏军乘机发起猛攻，平氏军全线崩溃，由海上向屋岛逃去。
混战中，从东边的城户口往山之手口救援的平重衡被源氏军捉住。由于这次大败，平氏还失去了其他许多武将。守卫西边城户口的忠度在与一百多名手下撤退时，遭带武藏猪俣党的冈部忠纯的追击而被讨取了。山之手口的大将通盛在战败后，在打算找个地方自杀时，被佐佐木盛纲发现并讨取。通盛的弟弟十七岁的平业盛好不容易突破敌人到达海滨，但是在等待运输船到达时，被常陆武士土屋吉安，重行兄弟讨取。同样负责防卫山之手口的平盛俊也在奋战后讨死。守卫东边城户口的大将知盛和其子知章一起向海滨退却，但是在途中被武藏儿玉挡追上了。知章为保护父亲而转身与敌人做战，最后被赶来的武士围攻所杀；而知盛则骑马冲入海中，最后上了宗盛的船。
再说最先到达到西边城户口的熊谷直实追赶着逃跑的平氏军到达海边。在那里，直实发现一个身着华丽盔甲的武士正骑马向海中跑去。直实于是大声叫这个武士回来，那个武士怕直实从后面攻击他，于是转身回来了。直实开始和那个武士相互猛烈地攻击对方,但是由于直实是个豪勇的武士，因此非常容易的就把对方打倒在地。正当直实打算取下那个武士的头时，却看见一张象女性一样美丽的脸，这是一个和直实的孩子直家年龄相仿的武士，直实于是打算放掉他；但是那个武士却说“快取下我的头吧”，直实于是含泪取下了那个头。这个武士就是平清盛的弟弟经盛之子敦盛，当时才十七岁。直实由此而感叹人生的无常，战役结束后就到高野山出家了。这就是敦盛的故事，也就是日后信长所喜欢的以“人间五十年”一句开始的能乐所讲述的故事。
平氏的专权引起公卿贵族的不满，而这种不满最终化做了以仁王的令旨。平氏一开始就决定走藤原氏作为外戚专权的道路，但是平氏却没注意到时代的不同。藤原氏时代中央朝廷是有力的，对地方的控制也是严密的，所以控制了中央政权也就相当于控制了全日本。而平氏所在的时代，中央对地方的控制本来就是依靠象平氏一样的武士集团，所以控制了中央并非就控制了全日本。因此以仁王令旨一出，早就对平氏不满诸国源氏和其他势力纷纷响应。而且平氏的公卿化也削弱了平氏的战斗力，从而导致了平氏军在各地的连连失利。面对在全国的失利，平清盛又转而请求后白河重开院政。然而早就对平氏失去信心的后白河此时正在和源赖朝进行联系，当然他也没有马上表示出反平氏立场，而是保持与平氏合作的姿态。但是一旦义仲军接近京都，他立即跑到义仲方，并下达讨伐平氏的院宣。他本来准备让义仲作为平氏和源赖朝以外的第三势力，从而使他们相互制衡，他就可以从中渔利。然而义仲并没有象后白河所想的那样听话，反而干预其朝廷的大事。对义仲失望的后白河一边以讨伐平氏为由，调走义仲；一边要求源赖朝早日上京；结果义仲反而以武力幽闭了后白河和后鸟羽天皇。虽然义仲最后被镰仓军打败，但是却说明没有武力依靠的后白河在与武家的斗争中永远是失败的一方。此时平氏在西国恢复了部分实力，出于统一全国的需要，源赖朝请求继续讨伐平氏。然而后白河不希望源氏势力过于坐大，于是想促成源氏和平氏之间讲和。但是源赖朝并没有理会后白河，而是坚持开战，从而开始了一之谷合战。由于源义经的奇袭，一之谷合战平氏方大败，失去了与源氏对抗的能力，所剩下的只是苟延残喘了。
源氏兄弟
在一之谷立下卓越战功的义经得到了后白河的优遇。元历元年（1184年）八月六日义经被任命为检非违使，左卫门少尉；九月，叙从五位，获得大夫判官的地位，排行第九的义经从此被称源九郎判官；十月，他获得升殿的许可。通过这一系列的优遇，后白河笼络了源义经的心，源义经也满足了自己的虚荣，然而这却触怒了源赖朝。赖朝以义经没有得到他的允许就擅自接受朝廷的官位是严重扰乱源氏军的军纪为由，把义经排除在平氏的征讨军之外。更深层次的原因应该是自夺取镰仓后，赖朝就没有再直接参加战役，而是由两个弟弟范赖和义经代劳；特别是义经在一之谷所表现出了卓越的军事才能，在那个尚武的年代，这必然引起别的武士的尊敬和服从；而这正是想建立起以自己为中心的武士统治体制的赖朝所不允许的。虽然两人这一次没有决裂，但两人之间的关系因此产生了裂痕。
八月七日，以范赖为总大将，兵力达到五万骑的平氏讨伐军从镰仓出发了，跟随范赖的将领有北条义时，武田有义，千叶常胤，三浦义澄，比企能员，和田义盛，天野远景，佐佐木盛纲。进入京都的范赖在九月一日从后白河法皇处得到讨伐平氏家族的院宣后继续向西行进。十月初，讨伐军进入了长门国。由于讨伐军刚进入山阳道时，发生了大饥荒；所以进入长门的讨伐军马上陷入了粮食不足的危机。同时，得知源氏来袭的平氏命令彦岛的知盛和行盛切断源氏的退路。行盛于是率军从备后儿岛登陆，讨伐军陷入了彦岛的知盛和备后的行盛的夹击。范赖给予佐佐木盛纲和涩谷重国五千士兵去备后迎击行盛，本队则继续待在长门。作为对应，平氏又从屋岛派去了援军，一时间处平氏于优势。元历二年（1185年）二月一日，在长门待了两个月的讨伐军终于在丰后国登陆。但是由于饥饿和战斗，军队战意全失，结果被丰后的平氏方武将原田种直的军队袭击。处于困境的范赖，只好向镰仓的赖朝写信请求援军。接到范赖书信的赖朝思量良久，最后还是决定派义经出征。
二月十一日，赖朝的书信到达义经处。十六日，源氏军的七千多骑就到达了摄津国渡边津。由于这是源氏军初次在海上交战，因此为了确定作战方法而进行了议定。评定中，梶原景时提出为了使船只进退自如，主张在船上装上逆橹；而义经却表示反对，认为还没有战斗就考虑逃走是胆小的行为。结果两人发生了激烈的争吵，最后两人分开行动了。十八日凌晨，义经带领自己的手下和约一百五十船出发了。义经一行正好遇上顺风，只花了四小时就走完了平时需要三天的航程，在阿波的胜浦登陆。登陆的义经军急袭胜浦附近的平氏一方的有力豪族的樱庭介良远的宅邸。冷不及防的樱庭介大败而逃；义经军追逐着逃走的樱庭介越过阿波，赞岐的国境于十九日早晨到达了到屋岛的背后。到达平氏背后的义经向附近的牟礼和高松的民房放火，然后从水浅的地方突入屋岛。屋岛的平氏军做好了敌人从海上攻击的准备并筑了工事，但没想到有敌人会冷不防地从背后杀出。平氏军慌忙中以为源氏大军来到，因此放弃了屋岛而登上停在海上的船只。然而逃到海上的平氏军发现源氏军非常的少，于是盛继，忠光，景清等人从船上下来，开始对源氏军发动猛攻。在那天的交战中，平教经表现的十分出色，连义经都差点死在他的强弓利箭下；幸而义经的家臣，佐藤继信替义经挡了一下，但继信却死去了。
战斗持续了数小时，在双方停下休息的黄昏时，一艘装饰华丽的小船从平氏的船队开出来接近源氏军。在船上面坐着一位穿着美丽的十七，八的女性，她前面立着的竿子上是一把画着日之丸的金色扇子。平氏军的大声挑衅道：“用弓来射落这个扇子吧。”义经于是召来了那须余一宗隆，命令他射中那个扇子的正中。那须余一宗隆当时才十七岁，是那须豪族那须太郎资量的十一男，是远近闻名的弓术达人。余一本来打算推辞，但在义经的坚持下，他就乘马冲到海中。余一在对八幡神，日光菩萨，宇都宫，那须温泉大明神作了祈祷后，拔出了镝矢，把弓拉满之后放箭。箭在发出破空之声之后，一寸不差地射在扇子的枢轴上。对于这漂亮的绝技，不但源氏方的士兵，甚至平氏方的士兵也为之喝彩。那把被射中的扇子，是安德天皇到平氏的守护神严岛神社处祈祷时奉献的。为了保佑这次战斗的胜利，严岛神社的佐伯景广把它送给了平氏的首领宗盛。宗盛本来想“如果扇子不被射落，平氏的就还有希望”，因此作出了这样的挑衅。然而当那须余一射落扇子后，宗盛脸色变的苍白，并下令射死余一。有一名平氏的武士想执行宗盛的命令，向余一放箭；然而余一比他的速度要快，先把他射死了。以此作为信号，战斗再次打响。数小时的战斗以被夺取据点的平氏乘船向西逃走结束。二十二日，梶原景时，三浦义澄带领着伊予水军的河野通信和背叛平氏的熊野水师别当湛增的大船团出现在海上，平氏看到已经没法夺回屋岛于是向西边的彦岛退去。屋岛之役就这样结束了，但是平氏在彦岛加强防备，准备迎击源氏的攻击。而源氏也根据赖朝命令，为夺回三样神器而继续追击平氏。三月二十二日，义经带领全部水师向关门海峡进发。
在屋岛的平氏军由于义经的突袭，没有发生大规模的正面战斗就逃到了海上，最后可以说是完整无缺的和彦岛知盛军合流了。在山鹿党，菊池党，松浦党等水军的强有力支持下，下关一带的制海权仍然为平氏所掌握。作为对应，站在义经一方的伊予水军的河野通信，背叛平氏的熊野水军的别当湛增于三月二十二日带领全部水军向关门海峡出征了。接受三浦义澄的建议，义经在离平氏的根据地彦岛仅仅一里的满珠，千珠岛上集结军队。二十四日凌晨，冒着早晨的薄雾，义经率领源氏军向彦岛出击了。对应源氏的来袭，彦岛的总大将平知盛下令全军出击，向田野浦进发。平氏的水军于二十四日黎明到达田野浦，太阳升出海面时已经与源氏水军只相隔五町距离了。源氏的水军有八百多艘船，而平氏方也有五百多艘。最后决战的时刻到来了。
向田野浦进发的知盛军分为三个部分；先锋是山鹿水军，中坚是松浦水军，最后是平氏一门的水军。正午时分，占据了潮流上方的平氏军在平知盛“在这时不顾性命拼杀，必将名留后世”这句话的激励下向源氏军发动攻击。刚开始时，由于平氏占有潮流上方的优势，源氏军逆着潮流难以前进，渐渐向满珠，千珠方向败退。但是到了三时左右，潮流发生逆转，源氏开始反击平氏。义经下令瞄准划往战斗途中的平氏船只的舵手和水夫射箭。失去舵手和水夫的平氏船只陷入了随波逐流的状态而无法返回彦岛的基地。有的船只被海流推向陆地，结果被在陆地等待的范赖率领的源氏军夹击。于是源氏军恢复气势，开始对平氏进行压倒性的反攻。这时，松浦党开始从平氏军中脱离，阿波民部重能也背叛了平氏，平氏军的败北的命运由此而决定。
在领悟到平氏必败无疑之后，总大将平知盛来到安德天皇所在的御船，向其母二位尼（平清盛之妻时子）告知了情况。二位尼默默点头之后，就抱着年幼的安德天皇与三样神器一起跳海自杀了。同时，天皇的母亲的建礼门院也跟着跳海自杀，但却被源氏军的士兵救起。二十九岁的建礼门院后来成为了尼姑，在京都寂光院渡过了三十多年的余生。看到安德天皇的跳海自杀的平知盛接着也和其乳母之子伊贺家成一起跳海自杀了。在屋岛之役中射死义经的家臣佐藤继信的教经，这天到处追赶着义经；但是在得知平氏必败无疑之后，就抱着源氏方的安艺太郎兄弟跳海自杀了。平氏的当主平宗盛和其子清宗最后也跳入了海中，但是却被源氏士兵救起，宗盛被斩首。那位曾经夸口“非此一门，皆不是人”的大纳言平时忠也被捉住，被流放到能登。曾经盛极一时的平氏就这样灭亡了。
平氏灭亡后，赖朝命令义经寻找三样神器。经过义经的努力，最后只找了八咫镜和八坂琼曲玉；天丛云剑却无法找到，似乎已经沉到了海底。义经认为找到了前两样已经足以向朝廷交代了，于是报告赖朝“无法找齐三样神器”。赖朝得报后却勃然大怒，以上次义经未经许可就接受朝廷官位和这次无法找齐三样神器是“轻视赖朝”为由，要治义经和他手下武士违抗军法之罪。结果义经的手下不但没有得到应得的奖赏，反而被没收领地，免去官职，只允许他们返回东国家乡。当然这些都是表面的理由，深层次的原因是义经的武勇和所立的战功已经对赖朝的源氏总领地位构成了威胁。不明所以的义经还想要挽回，于是于文治元年（1185年）五月七日以护送平宗盛之子清宗到镰仓为名前去镰仓向赖朝请罪。十五日，义经到达酒匂。在那里他见到了赖朝派来接收俘虏的使者北条时政；时政在接收了俘虏后告诉义经说，赖朝不允许他进入镰仓。为了向赖朝辩解，义经于二十四日从腰越给大江广元写了封信，这被称“腰越状”。义经在腰越状中为自己做了辩解，并表达了自己的心情；结果还是得不到赖朝的原谅，于是只好返回京都。然而赖朝并没有就此放过义经，先是把已经赐给义经的从平氏没收的二十四处领地没收，接着又派土佐坊昌俊暗杀义经。
忍无可忍的义经终于决定起兵打倒赖朝，早就想扶持义经对抗赖朝的后白河马上发出了讨伐赖朝的院宣。作为应对，赖朝派遣大军上京。面对赖朝的大军义经认为难以取胜，于是离开京都向自己在四国的领地逃去。当北条时政带领一千骑进入京都的时候，后白河法皇给赖朝发出辩解状，辩称自己的是被迫发出讨伐他的院宣的。面对后白河的这份狡诈，还要利用朝廷的赖朝只好骂了一句“日本第一号大天狗”就放过了他。在赖朝武力的压力下，后白河收回了讨伐赖朝的院宣，发出了讨伐义经的院宣。赖朝于是借此机会要求在全国设立总追捕使（守护），地头，后白河也只好同意了这一要求。再说准备逃往四国的义经，遇到了暴风雨没法成行，只好躲到了吉野山。由于吉野山不让女子进入，他只好与其妻静御前告别。静御前被北条时政的手下捉住，并被带到了镰仓。当赖朝询问义经的下落时，静御前拒绝回答。后来赖朝在妻子政子的要求下把她交给了政子。其后静御前生了一个男孩，结果被带到由比滨淹死。藏在吉野山的义经等人由于搜索越来越严，于是决定前往奥州。
前文提到源义家帮助清原清衡打败清原家衡，清原清衡于是改名为藤原清衡。其后，清衡结交摄关家，并移居到平泉，从而奠定了藤原氏在奥州的基础。清衡死后，其子基衡打败嫡子惟常成为了当主。基衡利用奥州的黄金和马匹结交京都的重臣，并与陆奥守藤原基成结成姻亲，从而巩固了在奥州的势力。三代秀衡时期正是平氏专权的时期；于是秀衡主动接近平氏，获得了镇守府将军的职位，从而确定了藤原氏在奥州的官方地位。安元元年（1175年），源义经来投，估计是念及源义家的旧情，秀衡收留了他。治承四年（1180年），以仁王发出讨伐平氏的令旨，源义经于是带着自己在奥州的家臣前去投奔兄长赖朝。在整个源平合战期间，奥州藤原氏一直抱着观望的态度。
义经的到来使藤原秀衡陷入了麻烦，但秀衡还是决定收留义经。文治三年（1187年），源赖朝得知义经藏于秀衡处，于是向秀衡施压要求他交出义经，但是为秀衡拒绝了。同年十月，秀衡去世，赖朝再次提出要求，秀衡的继承人泰衡也拒绝了这个要求。文治五年(1189年)二月，赖朝向朝廷请求讨伐泰衡的院宣，后白河出于对赖朝统一全国的恐惧拒绝了这一要求。然而害怕赖朝讨伐的藤原泰衡却向赖朝表示会讨伐义经。四月三十日泰衡派兵袭击了住在衣川馆的义经，寡不敌众的义经和他的手下自杀身亡。义经的死并没有拯救奥州藤原氏灭亡的命运。就在义经的首级送到镰仓的六月十三日，赖朝再次向朝廷请求讨伐藤原氏的院宣。七月二十九日，在没有院宣的情况下，赖朝派兵讨伐了藤原氏。九月九日，藤原氏灭亡，赖朝终于统一了全国。
一之谷合战之后，平氏已经是苟延残喘，已无力与源氏对抗。害怕赖朝成为另一个平清盛的后白河开始寻找可以制肘赖朝的人物，最终他把目标琐定在一之谷合战的英雄源义经身上。他给于了义经很多的恩遇，而义经也非常感激他。然而源赖朝决不允许在他之外出现新的权力中心，因此他把义经排除在平氏讨伐军之外，希望能够阻止义经继续立功。可是他的另一个弟弟范赖不争气，最后赖朝还是只好派义经出战。经过屋岛和壇之浦合战，平氏终于灭亡了；然而源义经也在战役中立下了奇功，赢得了武士们的尊敬和爱戴。赖朝于是要义经去完成寻找三样神器这个很难完成的任务。当义经真的完不成的时候，赖朝又借此事大做文章，没收了跟随义经的武士的领地，免去了他们官职，从而削弱义经的力量。当义经前来请罪时，又拒而不见，甚至没收了他的领地。然而义经活着一日，赖朝就不能安心，于是他派人去刺杀义经。源氏兄弟的反目为仇给了后白河一个机会，他马上应义经要求发出了讨伐赖朝的院宣。然而面对赖朝的强大军事实力，义经没有把握取胜，于是只好逃往四国，意图东山再起。狡猾的后白河转而向赖朝乞怜，使自己渡过了这一危机。在赖朝大军的压力下，后白河发出了讨伐义经的院宣，并同意了赖朝设立总追捕使和地头的要求。义经逃往奥州，正好给赖朝一个讨伐奥州，统一全国的机会。然而后白河却从中做梗，不肯发出院宣。慑于赖朝军事压力的藤原泰衡最终杀了义经，而赖朝也在没有院宣的情况下出兵灭了奥州藤原氏，统一了全国。
结局
赖朝统一了全国后，后白河已经无法再搞阴谋诡计了。文治四年（1188年），后白河法皇病重，法皇于是下令到崇德上皇和藤原赖长的庙中献币，并在长门国修建安德天皇的佛堂以安抚亡魂。建久元年（1190年），源赖朝上京。两人会见了几次，并商谈了政务。源赖朝想出任武家最高的荣誉职位征夷大将军，然而后白河法皇只任命他为权大纳言，右近卫大将。赖朝在京中待了一个月谋划此事，然而却没有成功，最后他只好返回镰仓。赖朝回到镰仓后立即辞去了右近卫大将之职以表示自己的不满。后白河法皇之所以不任命赖朝为征夷大将军是对武家政权的一种压制。然而，赖朝虽然没有被任命为征夷大将军，但他却继续为开幕做着准备。建久三年（1192年）三月十三日，后白河法皇离开了人世。同年七月十二日，源赖朝出任征夷大将军，建立了镰仓幕府。随着后白河的去世，旧的时代结束了，新的时代开始了。
后白河法皇一生最大爱好是"今样"（一种歌曲形式），他不仅自己唱，而且还经常召歌女进宫举行唱会。他收集了许多“今样”的歌词，写下了《梁尘秘抄》，《梁尘秘抄口传集》等文献，使"今样"得到保存下来。这也许是他在文艺方面唯一的贡献了。
纵观后白河的一生我认为应该分四个阶段来看。在保元，平治之乱这一时期，后白河的行为都是比较被动的。保元之乱中，可以说后白河根本就没有做什么；平治之乱的原因与其说是后白河的恩赏不公，不如说是信西的恩赏不公，其过程也是源平两氏的争斗。在这一时期，后白河基本上没有主动的发挥过作用，被称为“和汉史上最大的昏君”也是情理之中的事。平治之乱之后，失去了信西这个智囊的后白河反而更加的主动的参与到政事中来。他的目标应该是实现象他的曾祖父和父亲白河和鸟羽两代上皇一样的院政。然而白河，鸟羽时代源平两氏的制衡遭到了破坏，而且平氏势力经过保元，平治之乱更深的进入了中央政权；要实行院政就不得不依靠平氏。最后的结果是平氏的势力急剧膨胀，有取后白河而代之的倾向。后白河于是想通过阴谋诡计消灭平氏，结果失败了；反而被平氏停止了院政并幽闭。经过这一系列事件，后白河的一生进入了第三个阶段。这个阶段他已经认识到武士的势力已无法消除，最好的办法搞平衡；但当无法平衡时，他又会做些首鼠两端的事情。源氏的风起应该看成是一种与后白河无关的自发运动，然而后白河却利用了这种运动。义仲一靠近京都，他就投靠了他。当他觉得义仲对他院政不利时，他又召来了赖朝。赖朝打败义仲后，他又想实现源平两氏的平衡，但是却失败了。平氏的败亡不可避免后，他又开始扶植源义经。然而就象他的政治手腕逐渐成熟一样，武家政权的政治手碗也在逐渐成熟。赖朝可以说是吸取了平氏和义仲的教训，对后白河的阴谋诡计早有防范。义经在看到胜利无望之后逃离京都，后白河转而投向了赖朝一方。这一阶段后白河被评价为“日本第一号大天狗”也是与他的行为相符合的。最后一个阶段从赖朝要求设立总追捕使和地头开始到后白河去世为止。这一阶段镰仓政权的武力压制了后白河，使他不得不同意赖朝的各种要求。当然他也不是没有搞小动作，比如不给赖朝发讨伐藤原氏的院宣和不授予赖朝征夷大将军的职位。然而这一时期总的来说是镰仓政权兴建和逐步削弱朝廷的时期，后白河可以延缓但却无法阻止这一过程。源赖朝没有院宣就攻打了奥州藤原氏，说明镰仓已经成为独立于朝廷的权力中心。而后白河一死，赖朝就被授予征夷大将军之职，说明朝廷已经不得不屈服于镰仓的压力。
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参考资料:
清和源氏足利氏的兴起 新田义亮
日本历代天皇列传 蒋立峰 东方出版社
《日本历史人物传》（古代中世篇） 伊文成 王金林 贾玉芹 黑龙江人民出版社
后白河上皇 安田元久 吉川弘文館
天草本平家物语 龟井孝高校订 岩波书店
日本网站 源平俱乐部 保元，平治专题 源平合站专题 木曾义仲专题 奥州藤原氏专题http://www.globetown.net/~hara_1962/GENPEI/genpei.html
